黄茶与嫩度相当的其他茶类比较，其叶绿素总量比绿茶稍低，而叶绿素a,b之比值稍高。这除了嫩度因素外，与闷黄过程有关，可能是因为闷黄对叶绿素b的破坏程度比叶绿素a大。黄茶与绿茶中氨基酸含量差异不明显，组分以茶氨酸、谷氨酸最多，而与白茶相比，黄茶和绿茶的氨基酸总量明显偏少，这说明长时间萎凋有利于蛋白质水解为氨基酸，而闷黄对氨基酸总量影响不大。绿茶中多酚类化合物含量较黄茶高，这是因为闷黄中多酚类化合物自动氧化减少的缘故。黄茶中君山银针的多酚类化合物含量仅为12％，比蒙顶黄芽少2/3，只有霍山黄芽、鹿苑毛尖含量的一半，除鲜叶因素外，主要是由于闷黄程度较重所致。黄茶中茶黄素类和茶红素类物质含量分别为0.1％和4.1％左右，并不比绿茶高。据研究，用嫩度相似的鲜叶，分别制成炒青绿茶、黄大茶和黑毛茶，其黄烷醇类物质含量是依次递减的．黑茶减少最多，绿茶最少，黄茶介于二者之间。各种儿茶素的减少趋势也大致相同。这就从化学变化的角度，进一步说明了黄茶是绿茶与黑茶之间的一个过渡性茶类。
下面以黄大茶为例，来说明黄茶制造过程的理化变化。
（1）叶绿素的变化
叶绿素是不稳定的化合物，在黄茶制造中受热化作用引起的氧化、裂解、置换等反应影响而遭到破坏，致使绿色物质减少，黄色物质更加显露出来，这是黄茶呈现黄色的主要原因。据测定，黄大茶在制造过程中，叶绿素总量中有60％受到破坏。杀青 过程破坏最多，其次是堆闷、初烘过程，而拉毛火和拉足火过程破坏甚少。
（2）多酚类化合物的变化
多酚类化合物也是影响黄茶品质的一类主要物质，在炒制中发生了显著的变化而减少。其中，黄烷醇类的总量要减少3/5以上，这主要是因为含量最多的（一）-EGCG减少了近70%。尤其是堆闷工序中黄烷醇减少最多，几乎占减少总量的一半。各种儿茶素中，（一）- EGC减少最多，其次是（一）一EGCG这种减少主要是在热化作用下较长时间的非酶促氧化所引起的。
黄烷醇类在炒制中氧化而大量减少，但水溶性多酚类化合物总量减少并不多．据测定，黄大茶中水溶性多酚类化合物含量，干毛茶与鲜叶相比，下降很少，这说明多酚类化合物在热作用下的非酶促氧化与酶促氧化性质不同。由于黄茶经过杀青，蛋白质凝固变性，与多酚类化合物氧化产物的结合能力减弱，不像红茶发酵那样，多酚类化合物的酶促氧化产物与氨基酸大量结合而沉淀。特别是在干热作用下，掌握适当温度，不仅能使香气发展到高峰，而且可使结合性的多酚类物质裂解，转化为可溶性多酚类化合物，同时发生异构化，使黄茶茶汤滋味浓醇。
黄茶中水溶性多酚类化合物含量与红茶、绿茶相比，低于绿茶而高于红茶。据测定，一级毛茶中，屯炒青、黄大茶、祁红的可氧化总量(TOM)是依次下降的。黄大茶的嫩度比屯炒青、祁红差，可氧化总量比屯炒青少是不难理解的，但比祁红多，这就说明黄茶的氧化程度不及红茶，而比绿茶要深。
黄茶中水溶性多酚类化合物虽然在制茶中保留较多，但滋味仍较醇和，这是因为一方面多酚类化合物氧化减少，另一方面由于热化作用，黄烷醇类发生异构化和热裂解，简单黄烷醇类增加所致。
（3）其他物质的变化
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