最早的普洱茶是通过自然存放，经长时间缓慢的自然发酵，或由于茶商的长途运输，在高温多湿的环境条件下逐步形成。这种在自然状况得以发酵的普洱茶是由于自然环境和普洱茶中存在着丰富的微生物类群。现代的普洱茶熟茶生产则采用渥堆即水热、酶促的方式，在保证普洱茶品质的前提下，缩短了普洱茶的自然醇化周期。
普洱茶在自然陈化生茶中的微生物类群，研究者发现主要存在有青霉(Penicillium glaucus)的Paladium变种、黑曲霉(Aspergillus niger)、灰绿曲霉(Aspergillus glaucus)黑根霉(Rhixopus nigrieaus)、米曲霉菌(Aspergillus oryzae )根霉菌(Rhixopus )、共头霉属(Syncephalastrum)竹丝霉属(Dictyuchus)、毛霉属(Mucor)、镰刀霉(Fusarium)和簇孢匍柄霉(Stemphypium)等真菌。
在现代采用渥堆发酵熟茶中的微生物类群，研究者发现主要存在有黑曲霉(Aspergillium niger)、青霉(Penicillium)、根霉(Rhizopus)、灰绿曲霉(Aspergillium gloucus)、酵母菌(Saccharomyces)中的假丝酵母(Candida sp．)无芽孢短小杆菌和链霉菌(Streptomyces bacillarys)等微生物。但在普洱茶在干仓环境慢长的醇化中，或是在人工渥堆发酵中，随环境的改变，大部微生物在参与茶叶发酵或陈储过程中逐步消失，能够存活下来的霉菌主要以黑曲霉为主，其可以分泌多种酶，在这些酶的共同作用下形成了普洱茶独特的风味。
研究发现，普洱茶后发酵过程中，不仅存在着共性的微生物类群，而且因采自不同地区不同时期，不同加工和存储环境下又存在着微生物类群的差异，这对提高普洱茶的产品质量有着重要的指导意义。作为后发酵的黑茶和普洱茶，因有上述众多微生物的参与，在各种微生物对茶叶化学物质相聚合互、降解、催化作用下才成就了黑茶与普洱茶宝贵品质及不同的风味口感及保健功能。盲目攻击普洱茶细菌多的人，是对发酵类食品如同白丁，特别对茶叶化学物质分解催化能力更大且对黄曲霉等有害菌可充分抑制的“金花菌”、青霉、灰绿曲霉及黑曲霉等益生菌更一无所知，就难免大放黄腔。
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(责任编辑：品茗在心)
