普洱茶按其加工工艺及品质特征，分为普洱茶(生茶)和普洱茶(熟茶)两种类型。普洱茶(生茶)一般经"晒青茶精制→蒸压成型→干燥→包装"而成；普洱茶(熟茶)散茶是经"晒青茶后发酵→干燥→精制→包装"而成。由普洱茶的制作工序可知，普洱茶的质量安全由整个加工生产环节的茶叶产地、原料、加工、包装、储运等多种因素共同决定，生产企业在茶园管理、鲜叶采摘、加工、运输、仓储的不规范，都会造成茶叶不卫生和产品质量不合格的问题，今天，我们就从普洱茶内的微生物安全性出发，来看看普洱茶内的微生物对人体是否有不良影响。
基于微生物对普洱茶品质形成的关键作用，从20 世纪50 年代起，国内研究人员已陆续开展了普洱茶发酵系统中微生物的种类和活动规律研究，现已从普洱茶发酵系统中分离鉴定出曲霉、青霉、根霉、毛霉、枝孢霉、镰刀霉、匍柄霉等属的丝状真菌及酵母、细菌等微生物。
在微生物安全性评价方面，对1260 个普洱茶样品中微生物的检验表明，检测的1260 个样品中仅有3.49%检出大肠菌群，未检出沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌等致病菌。通过实验，普洱茶中的微生物主要是有益菌群，可以放心品饮。至2012年，研究发现，黑曲霉、酵母属、散囊菌、木霉、根霉、毛霉等微生物在普洱茶发酵过程中可以丰富茶叶成分、增加多种微生物代谢活性产物，这些有益菌群对于普洱茶"顺、活、洁、亮"的品质形成有重要意义。
但是，如果普洱茶发酵过程中发酵堆温、湿度控制不当或者发酵环境卫生恶劣，常伴随烟曲霉、灰绿曲霉等不利于普洱茶品质的微生物出现。这些潜在的有害微生物直接影响了普洱茶的品质安全，在茶叶加工和存放过程中都应该引起企业和消费者的高度重视。并且，由于普洱茶特殊的储存方式，可能受到的污染环节较多，所以消费者应该严格按要求存储普洱茶，相关部门也应注意对每个批次的检查，这样才能保证食品的安全。
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