1、灰绿曲霉
该菌种会使食品腐朽蜕变。生产中应尽量防止菌群的滋生。经实验可知，在大生产中出现得较多，而模拟、灭菌渥堆试验加工的普洱茶中出现的很少，前期消逝。因此，控制堆温、改善制茶环境卫生有利于地道普洱茶品质的形成。酵母属与普洱茶酵母属是普洱茶品质形成的重要菌种。
2、酵母菌
在普洱茶渥堆中，由于湿热作用为酵母菌的代谢活动发明了良好的环境，增强了酶的活性，同时也给茶叶的化学成分变化提供了热源。加之霉菌能应用各种多糖作为碳源停止糖代谢，并产生少量的多糖和单糖，为酵母提供足够的营养后快速繁殖。当提供有利于酵母菌滋生的环境，使其迅速繁殖，加工中茶叶的品质表现为甜蜜、醇滑的特性。可见，普洱茶甜美、醇厚品质特点的形成直接与酵母菌消长相关。也就是说，普洱茶所表现出的陈香、醇、甘、滑等品质特点与发酵过程中的优势菌种是分不开的。
3、细菌
细菌与普洱茶在普洱茶渥堆过程中，细菌数目极少，没有发现致病细菌，这是各种微生物之间拮抗作用的结果。如酵母和霉菌的大量繁衍，能抑制细菌的生长。同时，国际外研究标明，茶叶中的茶多酚也能抑制对人或植物有致病性的细菌的生长繁殖。
4、黑曲霉
黑曲霉是一种高等真核生物，作为世界公认的平安可食用性，在工业消费和学术研讨中具有重要的位置。作为参与普洱茶品质形成的重要菌种，研究其生命周期极端代谢产物变化有着重要意义。
5、青霉属
在普洱茶渥堆过程中青霉产生多种酶类及有机酸，同时，产黄青霉代谢产生的青霉素对杂菌、糜烂菌能够有优秀的消弭和抑止生长作用。因此，我们以为产黄青霉对普洱茶醇和品质的形成有辅佐作用。
6、根霉菌
根霉菌的淀粉酶生机较高，能产生有机酸，还产生芬芳的酯类物质，但由于分泌果胶酶才干强，普洱茶在渥堆中茶叶硬化也与该霉繁殖相关。在渥堆中的每个阶段，掌握好妥当的温度和湿度，提高根霉菌的比例，有益于普洱茶粘滑和醇厚品质的形成。
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