普洱茶的后发酵、实质是成品茶中还具有黑曲菌，根霉毛霉、酵母菌等真菌的孢子和菌丝体，他们依靠茶叶作为营养基、在适宜的温度和湿度条件下，就能够进行生长繁殖。这些真菌在摄氏15度以上，空气湿度在60%以上，孢子能够萌发，菌丝体能够产生包子，进行无性和有性繁殖，繁殖的速度非常快，可以是数十分钟或数小时就完成一个时代的交替。在摄氏35度的液体培养基里，真菌的繁殖速度是极快的。普洱茶叶对真菌来说，是一个丰富的粮仓，笔者曾对60年代的勐海茶厂的生饼做过微生物培养试验。经过严格消毒的茶叶能够在培养基上长出毛霉、根霉、青霉和黑曲霉。在接种第3-6天，毛霉、根霉的菌丝体象棉花团般的布满整个培养瓶，说明培养初期，根霉、毛霉这些易生长繁殖的真菌占优势。但三周以后，黑曲菌开始逐渐占优势，至一月之后，固体培养瓶的培养基表面，主要是黑曲菌的群落了。
这个实验初步表明，40多年的普洱茶还具有营养物质，他还能供微生物进行生长繁殖，40多年的普洱茶还是“活茶”，他还进行着后发酵过程。普洱茶后发酵过程中，以黑曲菌为主的真菌群的繁殖速率是很重要的，在真菌酶作用及氧化作用下，茶黄素转变为茶红素、茶褐素，茶多酚和茶碱逐渐分解，毛霉的糖化作用等生化反应，使茶汤由青、黄向宝石红转化，可溶性物质增加，口感逐渐醇厚、甘甜，感觉变得更加滋润。
在广州、香港、云南西双版纳储藏普洱茶，因为高温、高湿，真菌繁殖速度快。因此茶界人士认为，在广州、香港和西双版纳。普洱茶的后熟比昆明、北京等地要快一倍，这是有科学道理的，本人也赞同，并总结为“热藏熟”。
热湿催熟的作用使某些茶商过分追求快熟、快销，以假年份牟取较高的利润。但是，普洱茶在温度和湿度过高的条件下，茶叶含水量超过15%，在茶叶暴露的条件下，是很容易滋长杂菌的。茶商有意识的进行湿仓、洒水，易造成杂菌污染。湿仓茶中，由于毛霉、根酶和某些杂菌在茶叶表层占优势，所以霉味较重，已经不是优质的普洱茶。如果茶叶发酸，再沾染有害微生物，就会变成对人体有害的废品茶了。
普洱茶属于发酵食品，在许多发酵食品如葡萄酒、白酒、啤酒、奶酪、老酱和火腿中，都有相对时间内越陈越香的特点。香的生化机理比较复杂，有蛋白质的熟化、糖的焦化反应，但更重要的是糖类转化为醇，醇类转化为酯，芳香酯等是多数发酵食品香气的源泉。普洱茶在漫长的储藏年代中，真菌能产生糖化酶、醇化酶和酯化酶，在不同茶本质和不同年代和生化条件下形成特异的芳香酯，使普洱茶越陈越香。发酵食品中，老酱、火腿和陈酒，需要数年到数百年，普洱茶的后熟作用可以延至数十年以上。
发酵食品中醇类在酶促作用下的酯化方应，所需要的温度较低，芳香酯在较低温度下更有利于保存和缓慢释放，这就是许多发酵食品冷藏增香的机理。
在昆明的温度湿度条件下，3至11月份，普洱茶内的真菌已经有了繁殖的条件，6至10月是后熟的良好时期，而冬季的昆明，菌丝体产生酯化酶，使普洱茶逐渐积累芳香酯。在不同茶本质的基础上，就能在不同的时期，产生特异的香气。普洱茶香具有多样性，其中的奥秘还等待生物化学学者们去研究和揭示。
在昆明收藏的不同地区，不同茶山的普洱茶与港台、广州储藏的普洱茶比较，收藏生茶前5年港台、广州茶熟得快，但藏到10年以上，茶叶的色泽、油亮度、香味和冲泡茶的汤色、口味及香气，都远远超过港台、广州的入仓茶，这是许多业内人士和港台名商都认可的。
