第一个阶段为有氧发酵。主要体现在初制阶段，即晒青阶段。在这个阶段，茶叶中原有的叶绿素酶(chloro—phyllase)将叶绿素水解生成植醇和脱植基叶绿素，并在多酚氧化酶(polyphenoloxidase)催化作用下，氧化形成不稳定的邻一苯醌类化合物，然后再进一步通过非酶催化的氧化反应，出现难得的褐变现象。
在这一阶段，普洱茶的“揉捻”显得尤为重要，基本采用“重力揉搓”的方式，其目的是通过“重力揉搓”将茶叶表面的“保护膜”搓碎，再以自然晒干的方式，使空气中“怂浮”的多种微生物菌群“侵入”，完成茶叶在自然状态下的第一次“自然接种”。同时，多酚氧化酶在接触到茶叶的酚基低物而产生酶促反应，其涉及到的主要底物是黄酮类物质，如根皮苷、儿茶素、表儿茶素和基于表儿茶素骨架结构的一系列花青素配基低聚物(二聚体至七聚体)。完成普洱茶初级氧化阶段，即有氧发酵。
第二阶段为厌氧发酵。普洱茶在初制加工之后(晒青毛茶)，必须将其紧压成型，即团、饼、沱、砖等，这样做的目的，不仅便于后续的持续发酵，也是连接发酵的延续。普洱茶界习惯上称谓的“后发酵”就是指普洱茶在紧压成型后的长期陈化过程。
紧压成型后普洱茶的发酵与前面有氧发酵有什么区别呢?有氧发酵主要针对的是散形茶。紧压成型后的普洱茶的发酵则进入到厌氧发酵阶段。因为茶叶在紧压成型后，除了表面与空气接触外，其内部则是缺氧状态，这恰恰有利于厌氧发酵的发生；因此，普洱茶的“后发酵”基本借助的都是紧压成型的方式。
自然界中有氧菌与厌氧菌分工是不同的，有氧发酵更多的是完成一组物质的生物氧化，而厌氧发酵是将有氧发酵不能完成的复杂的有机化合物分解成比较简单的物质的过程。普洱茶的有氧发酵与厌氧发酵这两个阶段的轮转，形成了一个完整的发酵链条。
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