正确的发酵概念应该是后一种，即指微生物分解有机物质的过程，但现在大家已经习惯了两种都用“发酵”来称呼。
“在茶叶中，一绿叶是通过控制生物氧化而被加工成绿茶、红茶、乌龙茶等，这一过程也被错误地称作“发酵”。而茶叶的“发酵”其实是在细胞壁破损后，存在于细胞壁中的氧化酶类促进儿茶素类进行的一系列的氧化过程。这一过程更像是一系列的酶促反应，也许更应该被称作“生物氧化”。
在茶叶的细胞里，儿茶素类存在于细胞液中，而氧化酶主要则存在于细胞壁中，而非主要存在于微生物中，所以需要使细胞壁破损。这也自然解释了茶叶“发酵”需要揉捻的原因。根据多酚类物质氧化程度的不同，也就区分了“全发酵”、“半发酵”、“轻发酵”。在红茶中，多酚类氧化程度很高，则称之“全发酵”；乌龙茶中多酚类的氧化程度约一半左右，则被称为“半发酵”。
例如在台湾高山茶的加工中，“发酵”目的是使叶子中所含儿茶素氧化。叶色由绿色转变成墨绿色，生成台湾高山茶特有的颜色。茶叶液胞膜受损伤后，液泡内的多酚类、氨基酸等物质，逐步被氧化，同时由于儿茶素氧化，使叶子中一部分物质进行化学作用，形成台湾高山茶特有的色香味品质。
