熟茶微生物发酵的微观世界中还有着许多未解之谜，普洱熟茶的发酵：“三分靠人，七分靠天”，仅有茶叶是不行的，发酵还需要水，需要适宜的温湿度，还有微生物，没有微生物的“参与”，发酵是不能产生的，所有微生物才是最重要的，水与适合发酵的温度都是为微生物开展“工作”提供服务的。
渥堆中主要微生物是什么？
渥堆中含有大量微生物，基本上可归为三大类：霉菌、细菌、酵母菌。这与传统的发酵食品中微生物基本相同。
1.霉菌
霉菌是丝状真菌的统称。在发酵食品中，只有四个属，毛霉属、根霉属、曲霉属、地霉属。然而普洱熟茶渥堆发酵中起主导力量的是曲霉属，而在曲霉属中真正的主力军是黑曲霉。黑曲霉是曲霉属真菌中的常见品种，只要是食品发酵，似乎就离不开黑曲霉群的参与。就普洱茶发酵而言，黑曲霉的作用只局限在发酵的前期，利用它巨大的“破坏力”击破发酵底物原有的保护壁垒，然后它又以发酵底物为营养源，产生各种活性酶系（如蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶、纤维素酶等），但在发酵后期进入“酶促发酵”时，它的使命便结束了，也消亡了。
2.细菌
普洱茶渥堆发酵中，在温度达到40-50℃区间会产生一定数量的细菌，这些细菌不仅影响普洱茶的发酵进程，还对普洱茶的滋味与香气产生重大作用。很多人对细菌有着天生的敌意，认为普洱熟茶是不健康的饮品，细菌与我们提到的霉菌不一样，细菌可以说是无处不在的，细菌是可以与我们人体形成共生关系的，单霉菌不可以，更不会通过饮茶进入人的身体。目前在普洱熟茶中参与普洱熟茶发酵的细菌到底有多少，还是未知数，因为它太微小，太庞大，很难短时间内搞清楚。但是也在普洱熟茶里监测到的一些细菌如乳酸菌、醋酸杆菌、芽孢杆菌属等。细菌有好的，我们称为益生菌，但也有不好的，我们称为致病菌。普洱茶有一个特性，由于它内含的多酚类物质较多，当细菌繁殖到一定程度时，开始出现“拮抗反应”，即出现一小部分青霉素的次级代谢物质，对致病菌产生抑制，因此它能基本确保普洱茶饮用的安全性。
3.酵母菌
酵母菌是一群单细胞的真核微生物，酵母菌是目前应用最广泛的一类微生物之一，在酿造、食品、医药工业等方面占有重要地位。参与普洱茶发酵的酵母菌目前能测出二十多种，但实际数目远大于这个数。
酵母菌和醋酸菌在普洱茶发酵中是互惠互利的共生关系。不同的酵母菌，会导致食品的风味不同。
普洱茶的渥堆发酵对于普通的消费者来说，简直就是一个谜，近20年来，有关普洱熟茶在渥堆发酵中出现的微生物的研究报告很多，每篇报告都列出若干微生物，基本上可归为三类，即霉菌、细菌、酵母菌三大类。这与传统发酵食品中微生物基本相同。也就是说，普洱茶渥堆发酵过程中出现的微生物并不是独有的，更不具备唯一性，都属于发酵食品微生物。在很多发酵食品的教科书上，我们也能看到这样一些文字：按照微生物分类系统，可将与发酵食品密切相关的微生物分为细菌、酵母菌、霉菌三大类。也就说，普洱熟茶渥堆过程中的发酵机理与其他发酵食品都具有一种共性：即三菌发酵。
