人们常说，中国茶叶按照“发酵”程度的不同以及综合制法，分为六大茶类。但这里的“发酵”一词，在中国茶叶的惯用语境中，则与上述微生物发酵全然不同。
“在茶叶中，同一片绿叶是通过控制生物氧化而被加工成绿茶、红茶、乌龙茶等，这一过程也被错误地称作“发酵”。这一过程更像是一系列的酶促反应，也许更应该被称作“生物氧化”。茶叶的“生物氧化“是细胞壁破损后，存在于细胞壁中的氧化酶类促进儿茶素类进行的一系列的氧化过程”。(唐小林等译，茶叶保健作用机理，中国农业科学出版社)
在茶叶的细胞里，儿茶素类存在于细胞液中，而氧化酶主要则存在于细胞壁中，而非主要存在于微生物中，所以需要使细胞壁破损。这也自然解释了“发酵”茶需要揉捻的原因。根据多酚类物质氧化程度的不同，也就区分了“全发酵”、“半发酵”、“轻发酵”。在红茶中，多酚类氧化程度很高，则称之“全发酵”;乌龙茶中多酚类的氧化程度约一半左右，则被称为“半发酵”。
例如在红茶加工中，发酵目的是使叶子中所含儿茶素氧化。叶色由绿色转变成铜红色，生成红茶特有的颜色。茶叶液胞膜受损伤后，液泡内的多酚类、氨基酸等物质，逐步被氧化，同时由于儿茶素氧化，使叶子中一部分物质进行化学作用，生成红茶特有的色香味品质。
以上是中国茶叶常说的“发酵”基本含义。不过，由于中国茶叶种类繁多，加工工艺和制法丰富多彩，品质形成的界定各有不同，在有些茶叶的制作和品质形成过程中，除了上述的除自身酶促反应的生物氧化意义上的“发酵”外，有些环节也会有微生物也会参与。例如，普洱茶熟茶的渥堆发酵过程，除酶促作用外，也有微生物的参与。
经分离研究，主要的微生物有黑曲霉、米曲霉、棒曲霉、灰绿曲霉、根霉、乳酸菌及酵母菌等。湖南黑茶的发酵过程，也有微生物参与。尽管如此，我们还是有必要区分清楚微生物参与的“发酵“和生物氧化意义上的“发酵”——否则，概念上的含混不清，容易导致大家对茶叶品质形成机理的误读。
