发酵古树熟茶，难点有很多。首先，古树熟茶的起堆，要。求至少在500公斤以上，一般要在1吨以上的古树料才可以。这就意味着成本的直接投入很大，这也直接决定了只有具备一定经济实力的人才有可能发酵出古树熟茶。
其次，从古树的特点来看，古树料的嫩度较高，因为树龄比较长，产量不高，老百姓在采摘时都会在茶叶刚发到1芽2叶时采摘制作晒青毛茶，这样做出来的毛茶不但品质更高，外观也更漂亮，茶叶嫩度也更高，当然这样的古树茶价格也会卖得更高。所以古树料的嫩度都要高于小树茶或者台地茶。
另外，古树茶在发酵时升温比较快，而且不好控制，没有经验就很难掌控好温度。还有就是成本高、风险高发酵者在面对这样的茶时心理压力相当大，只有发酵技术相当成熟，发酵经验相当丰富，发酵责任心相当强的人才有这样的胆识发酵古树茶，也只有这样的人才能发得出真正好的古树茶。
最后，古树茶的风险高，一旦出现问题损失太大，而这种损失对于生产者来讲往往是致命的，或者是很难短时间内恢复元气。这就要求在整个发酵过程，不允许出现丝毫的怠慢、疏忽和差错，神经一直处于紧绷状态，吃不好睡不好，而如果一旦功败垂成，那将不仅仅是经济上的损失，更是心理上的严重打击。
