普洱熟茶发酸一般是渥堆发酵过程中工艺处理不当造成的。渥堆时出现“酸味”是普洱茶发酵中常见的现象，通常在发酵开始后的 4～5 天就能闻到明显的酸味，这就表明茶堆内部已经发生了剧烈的化学反应，这是普洱茶发酵的阶段性特点。
在渥堆的中后期很多带有刺鼻性气味的低沸点香气物质大量分解，如果这个阶段堆子的水分过多，透气性差和温度低，就会产生无氧呼吸，各种厌氧菌、腐败菌大量产生就容易使茶品酸馊、叶底软烂粘稠，这样“酸”气物质就难以彻底排除，出堆后的散茶必然带有酸味。
在渥堆过程中肉眼见到最多的就是优势微生物菌种黑曲霉，黑曲霉在渥堆过程中会产生柠檬酸等一系列酸性物质，当然其他微生物也会产酸。发酵过程中如工艺处理不当，不能有效排酸，就会造成普洱茶“发酸”。
用级别较高较嫩的茶发酵也容易出现酸味，像单芽一芽一叶都容易出现这问题。这些高级别高嫩度的茶发酵特别要注意控制下水量和透气性，不然酸味很难排除。在发酵车间伴随着白霉黑霉的生长，会产生大量的酸味，在中后期排酸工艺控制的好这个酸味会慢慢消失。
发酸的熟茶通常是采取二次渥堆发酵的方式来除酸。一般是将酸味熟茶含水量回潮到25％~30％重新捂堆，用50度以上60度以下的高温来排酸。熟茶二次发酵后损耗会增加，初期水味会加重。一般小批量的发酸茶都是通过调整仓储工艺来除酸。
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