在普洱茶渥堆过程中，细菌数目极少，没有发现致病细菌，这是各种微生物之间拮抗作用的结果。如酵母和霉菌的大量繁衍，能抑制细菌的生长。同时，国内外研究表明，茶叶中的茶多酚也能抑制对人或动物有致病性的细菌的生长繁殖。
在普洱茶渥堆过程中，除上述几种微生物外，还有少量和极少量未检出的微生物。结合普洱茶渥堆过程中主要微生物的消长变化与品质关系的研究结果可知：普洱茶制作过程中微生物的菌种变化是极其复杂的。从不同处理比较分析可知，黑曲霉始终处于优势地位，酵母菌的总数居次，细菌数目极少，没有发现有致病细菌。在普洱茶渥堆过程中，这些微生物都对普洱茶的品质形成产生作用。有的微生物自始至终对普洱茶品质形成发挥着重要的作用，有的微生物是在普洱茶加工的某一阶段发挥着形成普洱茶独特风格的作用，有的微生物则不利于普洱茶品质的形成。因此，在普洱茶加工过程中从原料入手，研究普洱茶品质形成的水热条件，分析普洱茶渥堆过程中微生物的生理特性是揭示普洱茶品质形成机理的核心内容。
微生物生命活动和代谢产物是普洱茶形成的重要因子。在渥堆的过程中，由于湿热作用为微生物的活动和代谢创造了良好的条件，同时也给茶叶的化学成分变化提供了热源，加强了酶系活动。又因霉菌能利用各种多糖作为碳源，进行糖代谢，产生大量的多糖和单糖，为酵母提供足够的营养后迅速繁衍，酵母和霉菌的大量繁衍，抑制了细菌的生长。同时，这些微生物所分泌的酶对茶叶内含成分进行了各种各样的转化作用。由此可见，良好普洱茶具有的甘滑、醇厚、活顺、陈香等品质特点与黑曲霉和酵母在普洱茶渥堆中主从优势有密切的关系。
