普洱茶发酵过程中有大量黑曲霉、青霉、酵母等参与作用，而这些微生物广泛用于食品工业生产柠檬酸和其它有机酸，可产生糖苷酶、果胶酶、葡萄糖淀粉酶、纤维素酶、柚苷酶、乳酸酶、葡萄糖氧化酶及有机酸，如葡萄糖酸、柠檬酸、柠檬酸霉素。且青霉素发酵中的菌丝废料含有丰富的蛋白质、矿物质和 B类维生素;产黄青霉代谢产生的青霉素对杂菌、腐败菌具有良好的消除和抑制生长作用，对普洱茶醇和品质的形成也可能有辅助作用。
酵母菌还能利用多种糖类代谢产生维生素 B1、B2，维生素C，在保健功能上，酵母可以健脑、健胃、美容、解酒、预防肝坏疽，改善肝脏功能和延缓衰老。在黑茶渥堆过程中控制数量得当，可以增加黑茶中的有效营养物质以及人体有保健作用的物质。
