至明末清初，西南各省屡遭兵燹战乱，清人挥兵南下平定三藩之乱后，重建统治秩序，恢复和发展原有的农业生产，又一次带来中原先进的制(炒)茶技术。
公元1644年清朝建立后，云南各地先后收归清政府统治，雍正四年（公元1726年），清政府指派的云南总督鄂尔泰在云南推行“改土归流”政策,雍正七年（公元1729年）设置普洱府治于宁洱，列普洱茶为贡茶，献于皇室，使普洱茶进入了一个历史上的辉煌时期。
清人倪蜕于《滇云历年志》（卷二）（公元1737年）记载：“雍正七年己酉，总督鄂尔泰奏设总茶店于思茅，以通判司其事。六大山产茶，向系商民在彼地坐放收发，各贩於普洱，上纳税课转行，由来久矣。至是以商民盘剥生事，议设总茶店，以笼其利权。于是通判朱绣上议，将新旧商民悉行驱逐，逗遛复入者俱枷责押回。其茶令茶户尽数运至总店，领给价值，私相买卖者罪之。稽查严密，民甚难堪。又商贩先价后茶，通融得济，官民交易，缓急不通。且茶山之于思茅，自数十里至千余里不止，近者且有交收守候之苦，人役使费繁多，轻戥重秤，又所难免，然则百斤之价，得半而止矣。若夫远户，经月往来，小货零星无几，加以如前弊孔，能不空手而归? 小民生生之计，只有此茶，不以为资，又以为累。何况文官责之以贡茶，武官挟之以生息，则截其根，赭其山，是亦事之出于莫可如何者也。”
在雍正七年，云南总督鄂尔泰奏请朝庭，于思茅厅选址设立官办的茶叶总店，指派朱绣任通判之职，亲自掌管总茶店，对普洱茶实行专卖制，六大茶山所产之茶，茶农采制后需全数运交位于思茅的总茶店，待选办贡茶入贡后方分由民间贩卖。
雍正十二年（公元1734年）的官方文告《禁压买官茶告渝》中有“每年应办贡茶，系动公件银两，发交思茅通判承领办送”的文字，可知当时的普洱茶，虽产于六大茶山，但是集中于思茅集散，贡茶采办亦在思茅。
清朝以来，普洱茶进入一个历史的极盛期，清·阮福《普洱茶记》（公元1825年)谓之:“普洱茶名遍天下。味最酽，京师尤重之。”
这一时期，也是普洱茶花色品种与制作工艺高速发展的时期，清·张泓《滇南新语》（公元1755年)载：“滇茶有数种：生性者曰木邦，曰普洱。木邦叶粗味涩，亦作团，冒普茗名，以愚外贩，因其地相近也，而味自虐。普茶珍品，则有毛尖、芽茶、女儿之号。毛尖即雨前所采者，不作团，味淡香如荷，新色嫩绿可爱；芽茶较毛尖稍壮，采治成团，以二两四两为率，滇人重之；女儿茶亦芽茶之类，取于谷雨后，以一斤至十斤为一团，皆夷女采治，货银以积为奁资，故名。制抚例用三者充岁贡，其余粗普叶，皆散卖滇中。最粗者熬膏成饼摹印，备馈遗。而岁贡中亦有女儿茶膏。并进蕊珠茶，茶为禄丰山产，形如甘露子差小，非叶，特茶树之萌茁耳，可却热疾。”
张泓记述的云南茶，不仅有产于六大茶山的普洱茶，还有邻近地区产的木邦茶，木邦茶粗老滋味涩，也做成团茶形式，不法商人用来冒充普洱茶，欺骗外来客商。
而真正的普洱茶分为嫩度极高的毛尖散茶；嫩芽制的二两、四两重的团形芽茶；还有跟芽茶相同嫩度的谷雨后采制的一斤至十斤一团的女儿茶。这三种普洱茶制品，加上产于禄丰山采刚荫发的芽尖制成珠形幼嫩绿茶的蕊珠茶,都是用来进献朝庭的贡茶。而其它较粗老一些的茶叶，则分散于市面销售。
这时期还出现了一种形式奇特的茶制品，是用最粗的茶叶熬煮成膏，做成饼的样子，这种茶膏，清《本草纲目拾遗》载“黑如漆，醒酒第一，绿色者更佳，消食化痰，清胃生津，功力尤大也”，在其卷六《木部》又载“普洱茶膏能治百病，如肚胀、受寒，用姜汤发散，出汗即愈；口破喉颡，受热疼痛，用五分噙口，过夜即愈；受暑擦破皮血者，研敷立愈”。但也有用较嫩的女儿茶熬制的茶膏，是贡茶花色的一种,进于宫庭。
到19世纪，阮福《普洱茶记》又多了几种新的制品形式：“于二月间采蕊极细而白，谓之毛尖，以作贡，贡后方许民间贩卖，采而蒸之，揉为团饼；其叶之少放而尤嫩者，名芽茶；采于三四月者，名小满茶；采于六七月者，名谷花茶；大而圆者，名紧团茶；小而圆者，名女儿茶，女儿茶为妇女所采，于雨前得之，即四两重团茶也；其入商贩之手，而外细内粗者，名改造茶；将揉时预择其内而不卷者，名金玉天；其固结而不改者，名疙瘩茶,味极厚难得。”
金玉天，就是后世所称黄片，较粗老揉不成条；疙瘩茶，即后世所称茶头，是茶叶中茶胶丰富，解茶时粘成一团打不散的，味道浓厚，极难得。
另外还有一种改造茶，就是把毛茶老嫩分开，把粗老茶团在里面包心，细嫩茶撒在外面盖面，然后蒸软后压制成形，这种制法改变了历史以来毛茶分季节、档次分别加工的单一形式，将不同季节、不同等级的茶叶混合加工，使低档茶的经济价值得以提升，同时也形成了后世拼配茶的雏形，这种方式一种被沿用至今，成为加工大宗货品的通用方式。
