在我们日常的生活中，很多食品都存在真菌毒素。真菌毒素的定义，是真菌在生长繁殖过程中产生的次生有毒代谢物。玉米、小麦、奶粉等广泛存在于我们食物清单里的东西，都会存在一定量的真菌毒素，而普洱茶也不例外。但我们对真菌毒素需要有一个科学客观的认识，当直面他们，就知道其实微生物并不是什么可怕的存在。
真菌毒素种类繁多，最受人关注的就是黄曲霉毒素。很多人谈到黄曲霉毒素就闻之色变，认为是人类健康的一大杀手。但是不同的国家地区，都为这些真菌毒素制定了国家标准限量，在食物变成成品之后，其中的真菌毒素只要不超过标准限量，对健康来说都是相对安全的。在我国的国家标准中，列出了可能对公众健康构成较大风险的真菌毒素，制定限量值的食品是对消费者膳食暴露量产生较大影响的食品，但茶（含普洱茶）并不在其中，这说明国家在考虑制定此安全标准的时候，普洱茶就不属于会产生高风险影响的饮品。此外，学界已经有大量的科学研究证明，普洱茶本身并不存在超量的和对人体有害的真菌毒素。
早在2007年，云南农业大学曾在国家支撑计划项目支持下做过发酵普洱茶的安全性评价，普洱茶属于安全的饮品。同时，也曾有台湾学者将产黑曲霉毒素的黄曲霉接种到花生和茶叶上进行发酵比较实验，实现结果发现，花生的黄曲霉毒素增加量惊人，而模拟普洱茶发酵的茶叶几乎不受影响。事实上茶叶中的茶多酚等活性成分，在一定条件下会对黄曲霉毒素产生抑制作用，所以黄曲霉毒素就很难在发酵茶中找到生存的空间和条件。
另外，不仅是普洱茶，对于任何一种食品的有害物质检测，都与检测的方法是否严谨有着莫大的关系，用什么溶剂进行溶解，提取和萃取的过程是否科学正确，实验环境如何，都会影响到最终的检测结果。
严格按国家标准生产的产品，最终产品检测结果也符合国家标准，这样的产品是不需要消费者太过于担心的。普洱茶虽说是适宜长期保存，但长期保存是有先决条件的，这些条件往往是消费者容易忽略的部分，但却十分关键。如果存储不当，就算是一款放心的茶品，也有可能变腐坏，产生有害物质。在普洱茶国家标准中是这样规定的：第一，应有足够的原料、辅料、半成品、成品仓库或场地，原料、辅料、半成品、成品应分开放置，不得混放。第二，产品应贮存在清洁、通风、避光、干燥、无异味的库房内，仓库周围应无异味气体污染。第三，禁止与有毒、有害、有异味、易污染的物品混贮、混放。在符合这样标准的贮存条件下，普洱茶才是适宜长期保存的，才是喝得有益的饮品。
