普洱茶渥堆过程中的主要微生物有黑曲霉、青霉属、根霉属、灰绿曲霉、酵母属、细菌类。
黑曲霉与普洱茶
黑曲霉是一种低等真核生物，作为世界公认的安全可食用性，在工业生产和学术研讨中占有重要的地位。
作为参与普洱茶品质形成的重要菌种，在普洱茶大生产发酵渥堆过程中，黑曲霉数量始终处于优势地位，黑曲霉可以生产胞内、胞外两类霉，有20种左右的水解霉，其中葡萄糖淀粉酶、纤维素酶和果胶酶，可以分解包括多糖、脂肪、蛋白质、天然纤维、果胶和非可溶性化合物等有机物。
青霉属与普洱茶
在普洱茶渥堆过程中青霉产生多种酶类及有机酸，同时，黄青霉代谢产生的青霉素对杂菌、腐败菌可能有良好的消除和抑制生长作用。
因此，我们认为产黄青霉对普洱茶醇和品质的形成有辅助作用。
根霉菌与普洱茶
根霉菌的淀粉酶活力较高，能产生有机酸，还产生芳香的酯类物质，但由于分泌果胶酶能力强，普洱茶在渥堆中茶叶软化也与该霉滋生有关。在渥堆中的每个阶段，控制好适当的温度和湿度，提高根霉菌的比例，有利于普洱茶粘滑和醇厚品质的形成。
灰绿曲霉与普洱茶
该菌种会使食品腐烂变质。生产中应尽量避免菌群的滋生。经试验可知，在大生产中出现得较多，而模拟、灭菌渥堆试验加工的普洱茶中出现的很少，后期消失。因此，控制堆温、改善制茶环境卫生有利于纯正普洱茶品质的形成。
酵母属与普洱茶
酵母属是普洱茶品质形成的重要菌种。在普洱茶渥堆中，由于湿热作用为酵母菌的代谢活动创造了良好的环境，增强了酶的活性，同时也给茶叶的化学成分变化提供了热源。
加之霉菌能利用各种多糖作为碳源进行糖代谢，并产生大量的多糖和单糖，为酵母提供足够的营养后迅速繁殖。当提供有利于酵母菌滋生的环境，使其迅速繁殖，加工中茶叶的品质表现为香甜、醇滑的特点。
也就是说，普洱茶所表现出的陈香、醇、甘、滑等品质特点与发酵过程中的优势菌种是分不开的。
细菌与普洱茶
在普洱茶渥堆过程中，细菌数目极少，没有发现致病细菌，这是各种微生物之间拮抗作用的结果。如酵母和霉菌的大量繁衍，能抑制细菌的生长。同时，国内外研究表明，茶叶中的茶多酚也能抑制对人或动物有致病性的细菌的生长繁殖。
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