茶树无性系育种采取单株育种与无性繁殖相结合育成新品种的育种方法。应用无性系育成的茶树品种，称为茶树无性系品种或茶树无性繁殖系品种。能反映母树的遗传性，可以保持茶树良种的优良性状，繁殖速度快，繁殖周期短，而且在苗期就可以通过扦插育苗进行繁殖，繁殖系数较高。自从茶树短穗扦插推广成功后，茶树无性系育种，就是“单株选种——扦插繁殖”的选育方法。育种方法如下：
一、收集原始材料。
二、选拔优良单株：根据育种目标，在原始材料中选拔优良单株，做好标记，进行观察。观察内容主要有发芽迟早、长势长相、发芽密度、芽叶性状、丰产性、适制性、抗逆性等。
三、初步繁殖和育苗选拔：经初步观察表现突出的优良单株，分株进行扦插繁殖，采取以苗育苗的办法，增加苗木的数量，以便布置初试苗圃或比较试验。在扦插育苗阶段调查观察扦插成活率、成苗率、苗高、苗茎粗、分枝数、着叶数、抗逆性、根系发育状况等，出苗前，分株系选拔。
四、初步比较试验：对入选单株，并已扦插繁殖少量苗木者，可布置初步比较试验。应以当地优良品种或推广良种作为对照，以资比较。观察项目主要有发芽迟早、芽叶性状、产量、适制性、抗逆性等。
比较试验：单株观察和苗期选拔优异，已有一定数量的扦插苗木的株系或经初步比较试验表现突出的品系，以相同苗龄的当地良种或推广良种作对照，布置品种比较试验。要求有三个以上的重复，每个小区面积在0.02亩以上。鉴定内容有：生育特性、抗逆性、丰产性、适制性、繁殖特性等。
区域试验：通过品种比较试验或初步比较试验选出的优良品系，在育种服务地区，按区域试验的要求，选点进行区域试验，以确定优良品种生态适宜区域和推广地区。
审定推广：经过区域试验的茶树新品种，报省或全国茶树品种审定委员会审定，审定通过者按其适宜地区繁育推广。
